Kindle本の目次の作り方は、章立てという内容の設計と、KDPが機能として求める目次ナビの2つに分かれます。両方をそろえて初めて、読者にもKDPにも通用する目次になります。
結論（先に答え）
Kindle本の目次を作る基本の流れは、話題の書き出し、章立てへのまとめ、章タイトルの決定、目次ナビ（論理目次とHTML目次）の設定、リンクと名称の確認という順番です。KDPの公式ヘルプでは、目次のすべての項目がクリックでき正しい場所に移動すること、すべての章・節に目次エントリが設定されていること、章と節の名前が本文の内容と一致していることが確認項目として挙げられています（出典参照）。
手順1: 話題を書き出して章立てにまとめる
原稿の中にある話題を書き出し、共通するテーマごとにまとめます。1つのテーマにつき3〜5本程度の話題が集まると、1つの章として扱いやすくなります。詳しい進め方は目次・章立ての作り方で扱っています。
話題を書き出す際は、これまでに読者や参加者から実際に聞かれた質問を思い出す方法も有効です。実際に聞かれた疑問は、他の読者も同じように知りたい内容である可能性が高いためです。
手順2: 章タイトルを決める
章タイトルは、章の中身を要約する言葉よりも、読者が知りたい疑問形にすると内容が伝わりやすくなります。目次に並べたときに文字数がそろっているかもあわせて確認します。章の数や節の数の目安は章の数と節の数の決め方で扱っています。
サブタイトルを使う場合は、メインタイトルと役割を分けます。メインタイトルで疑問の形を示し、サブタイトルで補足の条件や対象を示すと、情報が重複せずに済みます。
手順3: 目次ページ（HTML目次）を作る
目次ページは、本の冒頭に置く、各章へのリンクを持つページです。古い端末での操作性を保つために推奨されています。章タイトルを順番に並べ、それぞれに本文の該当箇所へのリンクを設定します。
目次ページの項目数が多い場合は、節をすべて載せず、章単位だけをこのページに載せる方法もあります。節の一覧は本文中の章扉に置く構成にすると、目次自体は見渡しやすくなります。
手順4: 目次ナビ（論理目次）を設定する
論理目次は、Kindle端末のメニューからどこからでも開ける目次です。Kindle CreateやWordの見出しスタイルを使って、章の見出しに正しく見出しレベルを適用しておくことが前提になります。詳しい用語は目次ナビの用語解説を参照してください。
見出しレベルを本文に正しく適用していないと、論理目次が正しく生成されません。章の見出しと節の見出しで異なる見出しレベルを使い分けているかを、設定前に確認しておきます。
手順5: リンクと名称の一致を確認する
目次を作り終えたら、すべてのリンクが正しい場所を指しているか、すべての章・節が目次に含まれているか、目次内の名称と本文の見出しが一致しているかを確認します（出典参照）。この確認項目は、KDPの入稿審査でも見られる箇所です。
つまずきやすい点
目次づくりで止まりやすいのは、目次ページ(HTML目次)だけを作って、論理目次の設定を後回しにすることです。KDPはKindle本すべてに、機能する目次ナビを求めています。
もう一つは、執筆の途中で見出しの言葉を変えたのに、目次側を更新し忘れることです。目次と本文の見出しがずれると、確認項目の名称一致で引っかかります。
目次に工程名だけを並べて具体性のない見出しにしてしまうことも起こりがちです。「第1章 はじめに」のような抽象的な見出しは、読者にも検索にも、何が書かれているかが伝わりにくくなります。
出版ラクダではどうなるか
出版ラクダは、原稿を入れるだけで目次・本文整形・表紙・挿絵・販売文を生成し、EPUB／Kindle入稿用EPUB／PDFまで書き出す、買い切り型のKindle出版支援Webサービスです。取り込んだ原稿の内容をもとに、3〜7章・各2〜4節の目次を自動で設計します。
生成した目次は、Kindle入稿用EPUBの書き出し時に目次ナビの構造もあわせて作られるため、論理目次とHTML目次を別々に手作業で設定する必要がありません。
章立てのやり直しは原稿の再入力を伴わないため、方向性を変えたいときの負担が小さくなります。出力はMarkdown・PDF・EPUB・Kindle入稿用EPUBの4形式で、回数の上限はありません。